三个月宝宝睡觉摇头，可能是由以下原因引起：
1.正常生理现象：宝宝神经系统发育不完善，控制能力较弱，可能会出现摇头、手抖等现象，这是正常的生理反应，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.皮肤问题：宝宝头部出汗较多，若没有及时清理，可能会导致头皮瘙痒，从而引起摇头。此外，湿疹、痱子等皮肤问题也可能导致宝宝头部不适，引起摇头。
3.环境因素：室内温度过高、过低，或空气过于干燥、潮湿，都可能影响宝宝的舒适度，导致摇头。
4.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增高，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。
5.中耳炎：宝宝患中耳炎时，可能会因耳部疼痛而摇头。此外，还可能伴有哭闹、抓耳等表现。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持舒适的睡眠环境：调整室内温度和湿度，为宝宝选择合适的衣物和被褥。
2.及时清理头部：保持宝宝头部清洁，及时清理汗液和头皮屑，避免皮肤感染。
3.补充维生素D：按照医生的建议，给宝宝补充维生素D，促进钙吸收。
4.就医检查：如果宝宝除了摇头外，还伴有其他异常表现，如哭闹、夜惊、抓耳等，应及时就医，进行相关检查，以排除中耳炎等疾病。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，如果对宝宝的睡眠摇头问题感到担忧，最好咨询医生的意见，以确保宝宝的健康。