三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的生理现象，也可能与疾病有关。以下是一些可能的原因：
1.正常的生理现象：
神经系统发育不完善：三个月的宝宝神经系统还没有完全发育成熟，可能会出现一些不自主的运动，包括摇头。
出汗：宝宝头部出汗较多，会感到不舒服，通过摇头来缓解。
湿疹：宝宝头部有湿疹，会瘙痒，也会通过摇头来摩擦缓解。
2.与疾病有关的原因：
维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增高，出现多汗、摇头、夜惊、烦躁等症状。
中耳炎：宝宝耳部感染，会出现耳部疼痛，通过摇头来缓解。
其他：宝宝头部有皮疹、皮肤感染、外耳道炎等，也会出现摇头的现象。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、睡眠正常，没有其他异常表现，可能是正常的生理现象，不需要特殊处理。但如果宝宝经常摇头，伴有多汗、夜惊、烦躁、哭闹等症状，或者有其他异常表现，需要及时就医，进行相关检查，以明确原因。
对于三个月的宝宝，家长需要注意以下几点：
1.给宝宝提供舒适的睡眠环境，保持室内温度适宜、空气流通。
2.及时给宝宝更换汗湿的衣物，保持皮肤清洁干燥。
3.给宝宝补充维生素D，每天400-800IU。
4.注意观察宝宝的情况，如果发现异常，及时就医。
总之，三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的，也可能是异常的。家长需要密切观察宝宝的情况，如果有异常，及时就医，以便早期诊断和治疗。