治疗慢性肠炎常用的药物有益生菌类、抗生素类等。一般来说，益生菌类药物如双歧杆菌四联活菌片等能调节肠道菌群，改善肠道微环境，通常可长期小剂量服用来维持肠道健康。
益生菌类药物：
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，对慢性肠炎引起的肠道功能紊乱有一定调节作用，可长期服用来改善肠道状态，但需在医生指导下使用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 主要成分是地衣芽孢杆菌，能促进肠道有益菌群生长，抑制有害菌繁殖，帮助恢复肠道正常菌群平衡，对慢性肠炎导致的腹泻、腹胀等症状有缓解作用，可按疗程服用。
抗生素类药物：
诺氟沙星胶囊： 属于喹诺酮类抗生素，对肠道细菌感染引起的慢性肠炎有一定疗效，但18岁以下青少年禁止使用，因为可能影响骨骼发育，且需在医生确诊有细菌感染指征时才考虑使用。阿莫西林胶囊： 属于青霉素类抗生素，若慢性肠炎是由敏感菌感染引起，且患者无青霉素过敏史时可选用，但使用前需做青霉素皮试，阳性者禁用。
止泻类药物：
蒙脱石散： 能在肠道内形成保护膜，吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻作用，可用于慢性肠炎引起的腹泻症状，一般成人每次服用1袋（3克），儿童根据年龄减量服用，腹泻症状缓解后应及时停药，以免引起便秘等不良反应。盐酸洛哌丁胺胶囊： 适用于各种病因引起的急、慢性腹泻，能抑制肠道蠕动，延长肠内容物的滞留时间，从而达到止泻目的，但对于感染性腹泻应谨慎使用，需排除细菌感染后再考虑应用，且不宜用于婴幼儿。