巨细胞病毒感染症的症状因感染人群和感染部位不同而有所差异。对于健康成年人，初次感染巨细胞病毒时，约有1/3的人可能没有明显症状，而有症状的可能出现发热、乏力、肌肉酸痛等类似感冒的表现，持续1~3周左右。
一、先天性巨细胞病毒感染症状
胎儿期感染： 部分胎儿在宫内感染巨细胞病毒后，可能导致生长受限，出生体重低于同孕周正常婴儿。新生儿期症状： 约10%~15%的先天性巨细胞病毒感染新生儿会出现明显症状，如黄疸（皮肤和巩膜发黄），持续时间可能超过2周；肝脾肿大，用手触摸腹部能感觉到肝脏和脾脏比正常增大；还可能出现血小板减少性紫癜，表现为皮肤有出血点或瘀斑等。
二、婴幼儿期巨细胞病毒感染症状
呼吸道感染表现： 婴幼儿感染巨细胞病毒后，可能出现呼吸道症状，如咳嗽，一般为轻到中度咳嗽，有的可能伴有流涕；少数严重的会出现气促，呼吸频率增快。消化道症状： 可能有食欲不振，宝宝吃奶量比平时减少；还可能出现腹泻，大便次数增多，性状较稀。
三、免疫功能正常成人巨细胞病毒感染症状
无症状感染： 大部分免疫功能正常的成人初次感染巨细胞病毒时呈无症状感染，自己可能都不知道感染过。有症状感染： 少部分人会出现发热，体温可达到38℃~39℃左右，伴有咽痛、全身不适等，一般病程相对较短，经过休息等对症处理后，1~2周左右症状可缓解。
四、免疫功能低下人群巨细胞病毒感染症状
肺部感染： 对于艾滋病患者等免疫功能低下者，巨细胞病毒容易侵犯肺部，引起肺炎，表现为进行性呼吸困难，活动后气短明显，咳嗽可能较为剧烈，严重时会影响正常呼吸功能。胃肠道感染： 可出现腹痛、腹泻，腹泻次数较多，每天可达数次至十余次，大便可为水样便等，还可能伴有恶心、呕吐等症状，影响营养物质的吸收，导致体重下降等情况。