溃疡性结肠炎的治疗药物有多种，氨基水杨酸制剂是常用的一类，像柳氮磺吡啶，一般需连续服用数周甚至数月来控制炎症，它通过在肠道内分解出磺胺吡啶和5-氨基水杨酸发挥作用，5-氨基水杨酸能抑制肠道炎症反应。
糖皮质激素药物
泼尼松：属于全身性糖皮质激素，可用于中重度溃疡性结肠炎的治疗，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有副作用，比如骨质疏松等，通常在病情较重时短期应用。氢化可的松：可通过静脉滴注等方式给药，对于急性发作且病情较重的患者有较好的抗炎效果，不过使用时要密切监测副作用，像可能引起血糖升高、血压波动等情况。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的患者，一般需要服用数月才会起效，它能抑制免疫系统的异常反应来控制结肠炎的炎症，但可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤：作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于溃疡性结肠炎的维持治疗，同样要注意观察是否出现血液系统等方面的不良反应。
生物制剂
英夫利西单抗：是一种抗肿瘤坏死因子α的生物制剂，对于传统治疗无效的重度溃疡性结肠炎患者有较好的疗效，需要通过静脉输液的方式给药，不过使用前要进行结核等感染方面的筛查，因为可能会增加感染的风险。阿达木单抗：也是针对炎症因子的生物制剂，可用于中度至重度溃疡性结肠炎的治疗，使用时同样要关注感染等相关副作用。