黄体功能不全主要是由多种因素导致的，其中内分泌失调是常见原因之一。比如，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能出现异常，会影响到黄体的正常发育和功能维持。据研究，约有30% - 40%的黄体功能不全与内分泌因素相关。
内分泌因素相关
垂体分泌异常：垂体分泌的促黄体生成素（LH）、促卵泡生成素（FSH）等激素水平异常，会干扰黄体的形成和功能。例如，当LH分泌不足时，就可能无法有效地促使黄体正常发育，进而影响孕激素的分泌。卵巢本身问题：卵巢中的卵泡发育不良，会间接影响黄体功能。比如卵泡期过长、卵泡不破裂等情况，都可能导致黄体功能不全。
子宫内膜因素相关
子宫内膜受体异常：子宫内膜细胞对孕激素的受体数量减少或亲和力下降，即使有正常的孕激素分泌，子宫内膜也不能做出正常的反应，从而表现出黄体功能不全。一般来说，这种受体异常可能与自身免疫等因素有关。子宫内膜分泌不足：正常情况下，黄体分泌的孕激素会使子宫内膜发生分泌期改变，如果子宫内膜分泌不足，就提示黄体功能存在问题，这会影响受精卵的着床和妊娠的维持。
其他因素相关
全身性疾病影响：一些全身性疾病，如甲状腺功能减退症，会通过影响内分泌系统，进而波及黄体功能。甲状腺功能减退时，身体的代谢等多种功能受到影响，也可能导致黄体功能不全的发生概率增加。医源性因素：长期使用某些药物，如避孕药等，可能会干扰体内的内分泌平衡，从而影响黄体功能。例如，长期服用短效避孕药后，突然停药可能会出现黄体功能短暂异常的情况。