肩胛骨酸痛的原因有多种。一般来说，长期不良姿势是常见原因之一，比如长时间伏案工作、低头看手机等，据统计，长时间保持不良姿势的人群中，约有60%会出现肩胛骨酸痛情况。
肌肉劳损导致
长时间劳累：如果从事需要频繁肩部活动的工作，像搬运工、油漆工等，肩部肌肉长时间处于紧张收缩状态，就容易引发肩胛骨周围肌肉劳损，出现酸痛。比如搬运工每天搬运重物，持续几个小时后，肩胛骨附近肌肉就可能感觉酸痛。姿势不当：日常生活中长时间弯腰驼背、含胸等不良姿势，会使肩胛骨周围肌肉受力不均衡，时间一长也会造成肌肉劳损，引发酸痛，例如很多长期低头玩手机的人，就容易出现这种情况。
颈椎病引发
颈椎病变压迫神经：当颈椎发生病变，如颈椎间盘突出、颈椎骨质增生等，突出的椎间盘或增生的骨质可能会压迫支配肩胛骨区域的神经，从而导致肩胛骨酸痛。据临床统计，约30%的颈椎病患者会伴随肩胛骨酸痛症状。颈椎生理曲度改变：长期不良姿势还可能导致颈椎生理曲度变直或反弓，这会影响肩部的力学平衡，进而引起肩胛骨酸痛，像一些长期伏案工作且坐姿不正确的上班族就易出现这种情况。
外伤因素
急性外伤：肩部受到直接的撞击、摔倒时肩部着地等急性外伤，可能会导致肩胛骨周围的肌肉、骨骼受损，引起酸痛。比如运动时不慎摔倒，肩部着地，就可能出现肩胛骨酸痛。慢性损伤：肩部长期反复的微小损伤，也会积累导致肩胛骨酸痛，比如经常进行过头运动的运动员，肩部反复受力，容易出现慢性损伤引发酸痛。
疾病影响
肩周炎：肩周炎全称肩关节周围炎，患者会出现肩关节疼痛，疼痛可牵涉到肩胛骨区域，随着病情发展，还会影响肩关节活动。一般多见于50岁左右人群，所以也叫“五十肩”。肺部疾病：某些肺部疾病，如肺癌、胸膜炎等，也可能引起肩胛骨酸痛。这是因为肺部病变刺激了胸膜，通过神经反射导致肩胛骨区域疼痛，比如肺癌患者有时会出现肩胛骨放射性酸痛。