黄体功能不全形成的原因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，内分泌失调是常见原因之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱，其中约有30% - 40%的黄体功能不全可能与这个内分泌轴的异常有关。
内分泌因素：
下丘脑 - 垂体功能异常： 当下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）以及垂体分泌的促黄体生成素（LH）、促卵泡生成素（FSH）等激素的分泌量或比例出现异常时，会影响黄体的正常发育。例如，LH分泌不足就可能导致黄体不能正常成熟，从而引发黄体功能不全。卵巢自身问题： 卵巢中的卵泡发育不良，会影响黄体的形成。比如卵泡期雌激素分泌不足，会使子宫内膜对雌激素的反应性降低，进而影响黄体的正常功能。另外，卵巢存在某些疾病，像多囊卵巢综合征患者，其体内的激素水平紊乱，也容易出现黄体功能不全的情况，据统计，约有20% - 30%的多囊卵巢综合征患者伴有黄体功能不全。
子宫内膜因素：
子宫内膜孕激素受体异常： 子宫内膜细胞中的孕激素受体数量或功能出现异常时，即使有正常量的孕激素作用于子宫内膜，也不能发挥正常的生理效应，导致黄体功能相对不足。比如孕激素受体含量降低，就会使子宫内膜对孕激素的敏感性下降，影响黄体期的子宫内膜转化。子宫内膜炎症： 子宫内膜发生炎症时，会影响黄体分泌的孕激素对子宫内膜的作用，干扰黄体 - 子宫内膜的同步性。例如慢性子宫内膜炎，会改变子宫内膜的微环境，影响黄体功能的正常发挥。
其他因素：
生活方式影响： 长期的精神压力过大、过度劳累等不良生活方式可能会影响内分泌系统的功能，进而影响黄体功能。比如长期处于高强度工作压力下的女性，黄体功能不全的发生率可能会有所升高。药物影响： 某些药物的使用也可能干扰黄体功能。例如长期使用避孕药，可能会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常调节，导致黄体功能异常。不过这种影响通常是可逆的，在停止使用相关药物后，黄体功能有可能逐渐恢复，但也需要一定的时间来调整。