黄体功能不全是指卵巢排卵后形成的黄体内分泌功能不足，以致孕激素分泌不足，使子宫内膜分泌转化不足，出现排卵性功血，且不利于受精卵着床，可导致不孕或习惯性流产。其原因主要有以下几方面：
内分泌调节异常
垂体分泌异常：垂体分泌的促卵泡生成素、促黄体生成素等激素水平异常，会影响黄体的发育。比如，当促黄体生成素峰值不足时，就可能导致黄体发育不全。研究发现，约有30% - 40%黄体功能不全的患者存在促黄体生成素分泌异常的情况。下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节紊乱：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素以及垂体分泌的相关激素协调失常，会影响卵巢功能，进而影响黄体的正常功能。例如，长期精神紧张、焦虑等精神因素可能干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节，引发黄体功能不全。
子宫内膜因素
子宫内膜受体异常：子宫内膜中的孕激素受体数量和质量异常，会使子宫内膜对孕激素的反应性降低，即使黄体分泌了正常量的孕激素，子宫内膜也不能做出正常的分泌期变化，从而导致黄体功能不全。比如，部分子宫内膜异位症患者可能存在子宫内膜受体异常的情况，进而影响黄体功能。子宫内膜炎症：子宫内膜的炎症会影响其正常的生理功能，干扰孕激素对子宫内膜的作用，不利于受精卵着床和维持妊娠，容易引发黄体功能不全相关的生育问题。有资料显示，患有慢性子宫内膜炎的女性中，黄体功能不全的发生率比正常女性高出约20%。
其他因素
酶系统异常：类固醇激素合成过程中某些酶的缺乏或异常，会影响孕激素的合成，导致黄体功能不全。例如，胆固醇转化为孕烯醇酮的过程中所需酶的缺乏，就可能影响孕激素的产生。全身性疾病：一些全身性疾病也可能影响黄体功能，如甲状腺功能减退症，甲状腺素分泌不足会影响机体的代谢和内分泌功能，进而干扰黄体的正常功能；高泌乳素血症患者，血液中过高的泌乳素水平会抑制卵巢功能，影响黄体发育。