胆管结石形成的原因较多，比如胆道感染是常见因素之一，据统计，约有50%以上的胆管结石患者曾有胆道感染病史。
胆道感染相关因素
细菌感染：当胆道发生细菌感染时，细菌产生的一些酶等物质会改变胆汁的成分。例如大肠杆菌产生的β-葡萄糖醛酸酶，能水解结合胆红素，使其变为非结合胆红素，进而与钙结合形成胆红素钙，沉淀后就容易形成结石核心。寄生虫感染：像蛔虫进入胆道后，会带来细菌等病原体，同时蛔虫残体也可成为结石的核心。比如胆道蛔虫症患者，如果没有得到及时有效的治疗，就比较容易引发胆管结石。
胆汁成分改变因素
胆固醇代谢异常：正常情况下，胆汁中的胆固醇、胆盐与卵磷脂保持一定比例，若这个比例失调，胆固醇就容易析出形成结石。比如一些人长期高脂肪饮食，会使胆汁中胆固醇含量升高，当超过胆盐和卵磷脂能溶解的限度时，胆固醇就会结晶沉淀形成结石。胆盐含量变化：胆道感染等情况可能会影响胆盐的代谢，导致胆盐含量减少，从而不能很好地溶解胆固醇等物质，增加结石形成风险。
胆道结构异常因素
胆道狭窄：先天性胆道狭窄或者后天因炎症、手术等导致胆道狭窄，会使胆汁排出不畅，胆汁中的成分容易沉积形成结石。例如一些患者有胆道术后瘢痕形成导致的胆道狭窄，就容易引发胆管结石复发。胆管畸形：先天性胆管畸形会使胆汁引流不畅，长期胆汁淤积就为结石形成创造了条件，比如先天性胆管扩张症患者，胆管扩张处胆汁淤积，容易形成结石。