肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。比如肛腺开口于直肠肛管交界处的肛窦，肛窦易受粪便损伤而引发感染，进而蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症向周围组织扩散就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，据统计，约有80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况，损伤后细菌容易侵入肛腺引发感染。肛腺阻塞： 肛腺分泌的黏液如果排出不畅，就会导致肛腺阻塞，细菌在阻塞的肛腺内繁殖，进而引起感染扩散，形成肛周脓肿。
自身免疫因素
免疫力低下人群： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病的人群，身体抵御细菌感染的能力下降，更容易受到肛腺感染的侵袭，从而引发肛周脓肿。有研究表明，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人高2~3倍。婴幼儿群体： 婴幼儿的免疫系统尚未完全发育成熟，相对成年人更容易出现肛腺感染，进而导致肛周脓肿。
其他相关因素
肛门周围皮肤感染： 肛门周围皮肤的疖肿、毛囊炎等感染性病变，如果没有得到及时有效的治疗，感染可能蔓延至深部组织，引发肛周脓肿。医源性因素： 比如直肠肛管手术、内镜检查等操作，如果操作不当，可能会引起肛门直肠部位的感染，进而导致肛周脓肿。例如，直肠镜检查时如果损伤了肛管直肠黏膜，就有可能引发感染形成肛周脓肿。