肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是由肛腺感染导致。肛腺开口在肛管齿线处，若此处受到损伤，粪便等异物易进入肛腺引发感染，感染蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
粪便残留刺激： 当粪便残留在肛管齿线附近的肛隐窝处，就容易滋生细菌，进而感染肛腺。比如长期便秘的人，粪便干结 harder，更易卡在肛隐窝，增加肛腺感染风险。肛管损伤： 外伤、肛门指检时操作不当等都可能损伤肛管，使细菌有可乘之机感染肛腺。像做肛门指检时用力过猛，就可能造成肛管轻微损伤，为细菌感染肛腺打开通道。
自身免疫因素影响
免疫力低下人群： 患有糖尿病等基础疾病的人，身体免疫力相对较低，对细菌的抵御能力减弱，更容易发生肛腺感染，从而引发肛周脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高约2 - 3倍。长期服用免疫抑制剂者： 一些器官移植患者需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应，这会使机体免疫力下降，增加肛周脓肿的发病几率。
其他相关因素
肛门局部卫生不佳： 不注意肛门局部清洁，细菌容易在肛周滋生，增加肛腺感染风险。例如长时间不清洗肛门，肛周皮肤的细菌会增多，容易侵入肛腺引发感染。饮食习惯不良： 长期酗酒、爱吃辛辣刺激性食物的人，肠道环境易受影响，也可能增加肛周脓肿的发生概率。过度饮酒会刺激肛门直肠部位，导致局部血管扩张，而吃太多辛辣食物会使肛门直肠黏膜充血，降低局部抵抗力。