肝内胆管结石的治疗方法需根据病情而定，对于无症状的肝内胆管结石，通常定期观察即可，每6~12个月进行一次腹部超声等检查；而有症状或出现并发症的患者可能需要手术等治疗。
手术治疗方式
胆管切开取石术： 这是较为传统的手术方法，通过手术切开胆管，直接取出结石。适用于结石相对局限在肝内胆管某一部分的患者。手术中需要仔细探查胆管，确保结石取净，但术后有结石复发的可能。肝部分切除术： 如果结石所在的肝脏部位出现严重的病变，如肝组织萎缩、纤维化等，为了彻底去除结石并防止复发，可能会考虑行肝部分切除术。比如结石集中在某一叶的肝脏，且该叶肝脏已经失去正常功能，就需要切除这部分肝脏。
内镜治疗
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 对于胆总管有结石合并肝内胆管结石的情况，可通过ERCP技术，经口腔、食管、胃到达十二指肠乳头，插入导管至胆管内，注入造影剂显示胆管结石情况，然后通过取石网篮等工具取出结石。但该方法对于肝内较深部位的结石可能难以处理。一般适用于胆总管结石且身体状况不适合较大手术的患者。内镜下鼻胆管引流术（ENBD）： 当肝内胆管结石导致胆管梗阻引起严重胆管炎等情况时，可通过ENBD引流胆汁，减轻胆管炎症状，为后续进一步治疗创造条件。通过内镜将鼻胆管放置在胆管内，一端留在胆管内引流胆汁，另一端经鼻腔引出体外。
其他治疗及注意事项
溶石治疗： 一些药物可能有溶石作用，但肝内胆管结石溶石治疗效果有限，而且药物使用有一定要求，一般需要胆汁中的药物浓度达到一定水平才能发挥作用，并且治疗周期较长，还可能有副作用，临床上应用相对较少。饮食与生活方式调整： 患者平时要注意饮食规律，少吃高脂肪、高胆固醇的食物，如动物内脏、油炸食品等，多吃蔬菜水果。保持适量运动，控制体重，这有助于减少结石形成的风险以及促进身体代谢等，但这只是辅助手段，不能替代正规治疗。同时要定期复查，密切关注结石的变化情况，如果出现腹痛、发热等症状要及时就医。