食物不耐受和食物过敏主要有以下区别：
一、免疫球蛋白种类不同：食物不耐受与免疫球蛋白G介导的反应相关，而食物过敏则与免疫球蛋白IgE介导、非IgE介导以及混合介导的反应有关。
二、出现反应的时间不同：食物不耐受起病通常较为隐匿，反应出现时间缓慢且症状不明显；食物过敏的反应时间较快且症状显著。
三、症状不同：食物不耐受是对某种食物不能正常消化，可能引发腹泻、呕吐等胃肠道反应，多导致慢性病变甚至影响全身各个系统，治疗上以调整饮食为主，可在医生指导下逐步尝试进食不能耐受的食物，只有少部分人仍存在食物不耐受情况；食物过敏是食用某种食物后免疫系统产生排斥反应，发病时可累及皮肤、呼吸道、胃肠道等周身多个系统，皮肤可能出现发痒、发红、起皮疹等情况，呼吸道可能出现呼吸困难、喘息，严重时可导致过敏性休克甚至危及生命，此类患者需及时遵医嘱服用抗过敏药物如马来酸氯苯那敏片、氯雷他定片等进行治疗，同时必要时辅助吸氧，且在今后生活中应尽量避免进食能引起过敏的食物。
总之，食物不耐受和食物过敏在免疫球蛋白种类、反应时间和症状表现等方面存在差异，应根据具体情况进行准确区分和恰当处理。