卵圆孔未闭和房间隔缺损都是心脏结构上的问题，但有明显区别。卵圆孔未闭是胎儿时期正常的生理结构，出生后1年左右会自然闭合，约25%~34%的成人存在卵圆孔未闭；而房间隔缺损是先天性心脏病的一种，是胚胎时期房间隔发育不全导致的遗留缺损。
定义与发生率区别
卵圆孔未闭： 是原始房间隔在胚胎发育过程中，第二房间孔形成时，第一房间隔未能完全覆盖第二房间孔，遗留的潜在裂隙。一般新生儿卵圆孔未闭发生率较高，约25%~34%的成人有卵圆孔未闭情况，但多数无症状。房间隔缺损： 是先天性心脏病常见类型，是由于胚胎时期原始心房间隔发育、融合、吸收等异常，导致左右心房之间残留未闭的缺损。其发生率约占先天性心脏病的5%~10%。
解剖结构区别
卵圆孔未闭： 卵圆孔一般长约2~3毫米，宽度较小，未闭的卵圆孔通常是一个潜在的通道，左右心房之间有少量分流可能。房间隔缺损： 缺损大小不一，小的缺损可能几毫米，大的缺损可超过3厘米。根据缺损部位不同分为原发孔型和继发孔型等，继发孔型房间隔缺损最为常见，缺损部位多在房间隔中部。
临床症状与影响区别
卵圆孔未闭： 多数卵圆孔未闭者无明显症状，一般不需要特殊治疗。但部分人可能因卵圆孔未闭出现反常栓塞等情况，比如静脉系统的血栓通过未闭的卵圆孔到达动脉系统，引起脑栓塞等，不过这种情况相对较少见。房间隔缺损： 缺损较小时，可能在儿童时期无明显症状，随着年龄增长，可能出现活动后气促、乏力等表现。缺损较大时，儿童时期就可能出现生长发育迟缓、反复呼吸道感染等情况，成年后可能出现心悸、心力衰竭等严重并发症。