月经痛经的原因较多，其中原发性痛经比较常见，约占痛经的90%以上。原发性痛经主要与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，前列腺素F2α和前列腺素E2含量升高，可引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态而出现痛经，通常在月经初潮后1~2年内发病。
子宫内膜异位症导致的痛经
异位内膜种植： 具有活性的子宫内膜细胞种植在子宫以外的部位，比如盆腔、卵巢等。在月经周期中，这些异位的内膜也会出现周期性出血，刺激周围组织，引发炎症反应，从而导致痛经。而且这种痛经往往会进行性加重，也就是一年比一年疼得厉害。盆腔粘连： 子宫内膜异位症还可能引起盆腔粘连，影响盆腔内器官的正常位置和功能，在月经来潮时，会进一步加重疼痛症状。
子宫腺肌病引发的痛经
子宫肌层病变： 主要是子宫肌层内的异位子宫内膜腺体和间质弥漫性生长，使得子宫均匀性增大。在月经期间，病灶部位充血、水肿，子宫收缩异常，就会产生痛经。一般多见于30~50岁经产妇，常伴有经量过多、经期延长等症状。子宫收缩异常： 子宫腺肌病患者的子宫肌层收缩不协调，导致子宫缺血缺氧，加重痛经程度。
疾病因素导致的继发性痛经
盆腔炎： 盆腔的炎症如子宫内膜炎、输卵管炎等，在月经期间，炎症部位受到刺激，会引起盆腔充血，进而导致痛经。患者除了痛经外，还可能伴有下腹部坠胀、白带增多等症状。子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响子宫的收缩和经血排出，导致子宫缺血缺氧而痛经。较大的子宫肌瘤还可能压迫周围组织，加重不适。