子宫内膜异位症与子宫腺肌症主要在发病机制、病理改变、临床表现方面存在区别：
一、发病机制：
1.子宫内膜异位症：其异位子宫内膜的来源并不明确，当前主要存在种植学说，包含经血逆流、医源性种植或淋巴及静脉播散等；还有体腔上皮转化学说以及诱导学说。
2.子宫腺肌症：一般认为是人工流产、慢性子宫内膜炎等因素导致子宫内膜基底层受到损伤，使得内膜直接与基层相接触，进而使内膜侵入肌层。
二、病理改变：
1.子宫内膜异位症：病变区域会有紫褐色的斑点，最终形成紫褐色的实质性结节或包块。
2.子宫腺肌症：其异位内膜在肌层呈弥漫性生长，导致子宫会均匀性增大。
三、临床表现：两者都有类似的痛经症状，但子宫腺肌症的痛经多位于下腹部正中且更为剧烈。
总之，子宫内膜异位症和子宫腺肌症存在诸多差异，患者应及时前往医院相关科室就诊，在专业医生指导下完善相关检查，以明确疾病诊断并接受规范化治疗。