肛周脓肿形成的原因主要与肛腺感染、肛门损伤等因素有关。据临床统计，约90%的肛周脓肿是由肛腺感染引发的。
肛腺感染导致
肛腺阻塞： 肛腺开口于直肠肛管部位，若粪便干结等原因导致肛腺开口阻塞，腺体内分泌物积存，就容易引发感染。比如长期便秘的人，粪便压迫肛腺开口，增加了肛腺感染的风险。感染扩散： 肛腺感染后，炎症会向周围组织蔓延。感染沿着肛腺导管向周围的肛管直肠周围间隙扩散，从而形成肛周脓肿。
肛门损伤引发
外伤因素： 肛门部位受到外伤，如异物刺伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织引起感染。例如，尖锐的异物插入肛门，很容易将细菌带入，引发感染进而形成脓肿。医源性损伤： 一些医疗操作也可能导致肛门损伤引发感染。比如肠镜检查时，如果操作不规范，可能会损伤肛管直肠黏膜，细菌趁机侵入，引发肛周脓肿。
全身抵抗力下降所致
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体抵抗力较弱，容易受到细菌侵袭。比如一些贫困地区长期以单一食物为主的人群，营养不均衡，患肛周脓肿的几率相对较高。患有全身性疾病者： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，机体的抗感染能力下降，容易发生肛周感染，进而形成肛周脓肿。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。