肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是由肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染引发
肛腺开口位置： 肛腺开口于直肠肛管交界处的肛窦处，肛窦形似口袋，容易积存粪便或受到损伤，从而引发感染。一旦肛腺感染，炎症就会向周围蔓延，进而形成肛周脓肿。比如，当人进食了不易消化的食物，导致粪便容易滞留在肛窦时，就增加了肛腺感染的风险。肛腺感染蔓延途径： 感染的肛腺可沿着肛管直肠周围的间隙蔓延。因为肛管直肠周围有多个潜在的间隙，感染容易在这些间隙内扩散，最终形成脓肿。例如，感染可能向上蔓延至骨盆直肠间隙，向下蔓延至肛周皮下间隙等。
肛门局部损伤所致
外伤因素： 肛门部位受到外伤，如异物刺伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织，引发感染形成脓肿。比如，不小心被尖锐的异物刺伤肛门周围皮肤，细菌就有可能随着伤口进入组织，引发感染。医源性损伤： 一些医疗操作也可能导致肛周脓肿，比如内镜检查时，如果操作不规范，可能损伤肛管直肠黏膜，从而引起感染。还有肛瘘手术过程中，如果处理不当，也可能引发肛周感染形成脓肿。
全身抵抗力下降相关
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体的抵抗力会比较低，容易受到细菌的侵袭。比如一些贫困地区的儿童，由于饮食中缺乏蛋白质等营养物质，身体抵抗力差，就更容易患上肛周脓肿。患有全身性疾病者： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫功能会受到影响，白细胞的吞噬功能降低，容易发生感染，包括肛周感染形成脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高一些。还有艾滋病患者，自身免疫系统遭到破坏，也容易出现各种机会性感染，肛周脓肿就是其中之一。