肛周脓肿主要是由肛腺感染引发的。一般来说，肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，然后炎症蔓延到肛腺，肛腺感染化脓后就容易形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，据统计，约有80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛管时就容易擦伤肛窦，为细菌入侵创造条件。肛腺堵塞： 肛腺分泌的液体起到润滑肛管的作用，但如果肛腺导管被堵塞，分泌液无法正常排出，就会导致肛腺内细菌繁殖，进而引发感染。像一些肠道炎症患者，炎症可能波及肛腺导管，造成堵塞。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体免疫力相对较低，更容易发生肛周脓肿，有研究显示，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。比如一位血糖长期不稳定的糖尿病患者，自身抵抗细菌感染的能力减弱，肛腺感染后就更容易发展成肛周脓肿。长期使用免疫抑制剂人群： 像接受器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，其免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力下降，也容易患上肛周脓肿。这类患者因为免疫抑制剂的使用，身体处于相对“脆弱”的抗感染状态，肛腺感染后难以有效抵抗，从而引发脓肿。
其他局部因素
肛门周围皮肤感染： 肛门周围皮肤若有疖、痈等感染病灶，细菌可蔓延至肛周皮下，引起肛周脓肿。比如肛门周围长了一个小疖肿，没有及时处理，细菌扩散到周围组织，就可能导致肛周脓肿的形成。肛管直肠损伤： 肛门指诊、肠镜检查等医疗操作可能导致肛管直肠损伤，若损伤后没有做好消毒等处理，细菌侵入损伤部位就容易引发感染，进而形成肛周脓肿。例如进行肠镜检查时，操作不当造成肛管黏膜损伤，若后续护理不当，就有感染形成脓肿的风险。