肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。比如肛腺开口于直肠肛管交界处的肛窦处，若肛窦被粪便等异物堵塞，就会引发肛腺感染，感染蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便干结等原因容易导致肛窦损伤，进而使细菌容易侵入肛腺。比如长期便秘的人，粪便过硬，通过肛管时容易擦伤肛窦，增加肛腺感染风险。肛腺本身特点： 肛腺是一种管状结构，一旦感染，炎症容易向周围组织蔓延，因为其周围的组织间隙比较疏松，感染容易扩散。
身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易受到细菌感染，包括肛周的细菌感染，从而增加患肛周脓肿的几率。据统计，糖尿病患者并发肛周脓肿的概率比正常人高不少。长期使用免疫抑制剂人群： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力减弱，肛周感染后也较易发展成肛周脓肿。
局部卫生因素
不注意肛周清洁： 平时不注重肛门局部清洁，肛门周围容易残留粪便等污染物，细菌大量滋生，容易引发肛周感染。例如，有些人便后擦拭不彻底，肛门周围仍有粪便残留，就为细菌繁殖创造了条件。肛门局部皮肤破损： 搔抓肛门周围皮肤导致破损，或者有痔疮等肛肠疾病引起局部皮肤破损，细菌就容易从破损处侵入，引发感染形成肛周脓肿。比如有痔疮的患者，如果痔疮发作时局部皮肤有破损，就增加了肛周脓肿的发病风险。