小儿黄疸主要是由于胆红素代谢异常，引起血中胆红素水平升高，导致皮肤、黏膜及巩膜黄染。新生儿中，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，一般生后2~3天出现，4~5天达高峰，7~14天消退，早产儿持续时间稍长。
一、生理性黄疸原因
胆红素生成过多： 新生儿红细胞寿命短，仅70~90天，且血红蛋白含量高，所以生成的胆红素比成人多。正常足月儿每日胆红素生成约8.8mg/kg，早产儿更高，约11mg/kg，导致胆红素产生过多。肝脏胆红素代谢障碍： 新生儿肝细胞内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，生后1周才达到成人水平，所以摄取胆红素能力不足。另外，肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）的量及活性不足，仅为成人的1%~2%，使肝脏结合胆红素的能力受限。
二、病理性黄疸原因
胆红素生成过多
红细胞增多症： 常见于脐带结扎延迟、糖尿病母亲婴儿等情况，使胎儿有较多的红细胞，出生后红细胞破坏增多，胆红素生成增加。同族免疫性溶血： 如ABO血型不合、Rh血型不合等。ABO血型不合较常见，母亲多为O型，胎儿为A型或B型，母亲体内的抗A或抗B抗体通过胎盘进入胎儿体内，引起胎儿红细胞破坏，导致胆红素生成过多。
肝脏胆红素代谢障碍
感染： 新生儿肝炎多由病毒引起，如乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等，病毒可损害肝细胞，影响胆红素的代谢。新生儿败血症时，细菌毒素可抑制肝细胞UDPGT的活性，导致胆红素代谢障碍。先天性甲状腺功能减退症： 患儿甲状腺素合成不足，可影响肝脏酶的活性，使胆红素代谢减慢，从而出现黄疸。
胆汁排泄障碍
新生儿肝炎综合征： 多由病毒感染、遗传代谢性疾病等引起，肝细胞受损，胆汁排泄障碍，胆红素反流入血。先天性胆道闭锁： 病因尚不明确，可能与胚胎发育异常有关，导致胆道梗阻，胆汁无法正常排出，胆红素淤积在体内，引起黄疸，一般生后2周左右出现黄疸，并进行性加重。