急性肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占70% - 80%。
感染途径一：上行感染
尿道细菌上行： 当尿道存在细菌时，比如女性的尿道较短，细菌容易从尿道外口上行进入膀胱，然后再沿着输尿管向上蔓延至肾脏，从而引发急性肾盂肾炎。女性由于生理结构特点，相对男性更容易发生上行感染，尤其是在性生活后、月经期等特殊时期。尿道局部卫生差： 如果不注意尿道局部卫生，比如不经常清洗外阴、不及时更换内裤等，会增加尿道被细菌污染的机会，进而增加上行感染引发急性肾盂肾炎的风险。
感染途径二：血行感染
其他部位感染灶细菌入血： 身体其他部位有感染病灶，比如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引发感染。例如，皮肤疖肿处的细菌，随着血液循环到达肾脏，就可能导致急性肾盂肾炎。一般这种血行感染相对少见，但在机体免疫力极度低下时容易发生。败血症引发： 严重的败血症患者，细菌在血液中大量繁殖，也可能随着血流到达肾脏，引起急性肾盂肾炎。
易感因素影响
尿路梗阻： 当存在尿路结石、前列腺增生等情况导致尿路梗阻时，尿液排出不畅，细菌容易在尿路中繁殖，从而增加急性肾盂肾炎的发生几率。比如尿路结石患者，结石会阻碍尿液的正常流动，使细菌更容易在局部滋生。机体免疫力低下： 患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人群，机体免疫力下降，对细菌的抵御能力减弱，容易发生急性肾盂肾炎。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫功能受到影响，更容易受到细菌侵袭引发肾脏感染。膀胱输尿管反流： 存在膀胱输尿管反流时，膀胱内的尿液可反流至输尿管甚至肾脏，将细菌带入肾脏，引发感染。这种情况在儿童中相对多见，比如先天性膀胱输尿管反流的患儿，就容易反复发生急性肾盂肾炎。