三个月宝宝便秘的治疗方法包含养成排便习惯、改善饮食结构、使用益生菌或开塞露辅助排便、进行手术治疗等，具体治疗需依据病因和个人情况来选择，要遵医嘱。
一、养成排便习惯：三个月的宝宝由于肌肉、神经等处于发育阶段，排便反射较弱，所以要给宝宝养成定时定期排便的良好习惯。
二、改善饮食结构：如果长期食用高蛋白质而少糖的食物，易导致大便干结而引起宝宝便秘，此时只需调整饮食结构。
三、辅助排便措施：
1.若奶量或辅食进食少，会使大便形成速度变慢，出现便秘假象，且长期进食不足会影响身体正常发育进而累及排便功能。这种情况下通常只需适当服用肠道益生菌帮助消化，或直接使用开塞露缓解症状，但改善过程相对较长，由于三个月宝宝属于特殊人群，必须严格遵医嘱用药，以免产生不良后果。
2.特殊情况处理：如果宝宝便秘是由先天性巨结肠、先天性甲状腺功能低下等病理因素导致，那么可能需要根据患儿病情严重程度、年龄、全身状况等多种因素选择相应的药物或手术治疗。
三个月宝宝便秘的治疗不能急于求成，一定要做到对因对症治疗，切不可自行用药而延误病情导致严重后果。