组织病理检查主要运用如下几种方法：
一、切片：把组织标本切成极薄的切片，厚度通常在5微米至10微米之间。完成切片后一般会进行染色处理，以便更清晰地观察细胞和组织的结构。切片这一操作是为了获取可供详细分析的样本，通过将组织切成薄片，能使细胞和组织结构更完整地展现出来，便于后续的观察和研究。
二、染色：常见的染色方式涵盖常规组织染色（如HE染色）、免疫组化染色、特殊染色等。常规组织染色能让细胞和组织的结构清楚呈现，免疫组化染色可检测特定蛋白质的表达状况，特殊染色则可用于检测特定的病理变化。染色的作用在于通过不同的染色方法，突出不同的细胞和组织特征，或是特定蛋白质等物质的存在，从而为病理分析提供更明确的依据。
三、镜下观察：将切片放置在显微镜下实施观察，以此来评估细胞和组织的形态、结构、染色性质以及细胞和组织的异常等情况。镜下观察是整个病理检查的关键环节，借助显微镜的高倍放大，能细致地观察到细胞和组织的微小变化，为疾病的诊断和分析提供直接的视觉证据。
四、免疫组织化学（IHC）：通过运用特定的抗体对目标蛋白质进行标记，以确定组织中是否存在特定的抗原或蛋白质。这有助于鉴定肿瘤类型，评估细胞增殖指标，以及检测与治疗反应预测相关的标记物。免疫组化技术的独特之处在于其能够针对特定的蛋白质进行精准检测，从而为肿瘤的诊断和分类等提供更具特异性的信息。
五、分子病理学方法：如聚合酶链式反应（PCR）、原位杂交、蛋白质电泳等，用于检测与疾病相关的蛋白质、DNA或RNA的表达水平。这些分子层面的检测手段可以深入探究疾病的分子机制，为疾病的诊断、治疗和预后评估提供更深入的依据。
这些方法通常由病理学家或临床实验室专业人员来操作和解读。通过组织病理检查，能够明确许多疾病的诊断、分型以及预后评估等重要事项。总之，组织病理检查是医学诊断中非常重要的手段，其多种方法的综合运用为疾病的准确诊断和深入研究提供了关键支持。