吃一次紧急避孕药对身体的危害相对有限，但也可能带来一些影响。一般来说，吃一次紧急避孕药后，约有5% - 10%的女性可能出现月经紊乱，比如月经提前或推迟一周左右。
月经方面的影响
月经提前： 紧急避孕药会干扰体内的激素水平，可能导致子宫内膜提前脱落，从而出现月经提前的情况，不过大多是短时间的波动。月经推迟： 也有部分女性吃了紧急避孕药后，月经会推迟，通常推迟不超过一周，如果超过一周还未来潮，要考虑怀孕的可能，需用试纸检测或就医检查。
胃肠道反应
恶心呕吐： 约有10%左右的女性吃了紧急避孕药后会出现恶心的症状，少数人可能会伴有呕吐，一般在服药后的几小时内出现，这种情况通常持续时间较短，1 - 2天可自行缓解。食欲改变： 个别人可能会出现食欲下降的情况，不过一般不会持续很长时间，对身体的影响也不大。
其他可能的影响
乳房胀痛： 大概有少数女性会出现乳房胀痛的情况，这是因为药物影响了体内激素水平，导致乳房腺体受到刺激，一般胀痛程度较轻，数天内会逐渐缓解。头晕乏力： 极少数人吃了紧急避孕药后会有头晕、乏力的感觉，多在服药后短时间内出现，一般休息后可缓解，不影响正常生活。总体而言，吃一次紧急避孕药多数人不会有严重的危害，但也不能频繁服用，一个月经周期内最好只服一次，一年最好不超过3次，频繁服用紧急避孕药会明显增加月经紊乱、避孕失败等风险。如果服药后出现严重不适或月经长时间异常，应及时就医。