自身免疫性胰腺炎的治疗主要以药物治疗为主，常用的药物是糖皮质激素，比如泼尼松，一般初始剂量可以每日服用30~40毫克，服用数周后根据病情逐渐调整剂量。
药物治疗方面
糖皮质激素作用：泼尼松等糖皮质激素能抑制自身免疫反应，减轻胰腺炎症。一般来说，开始治疗时剂量较大，随着病情改善逐渐减量。比如初始阶段可能每天服用30 - 40毫克，之后根据患者症状、实验室检查等情况逐步下调剂量。其他药物情况：对于激素治疗效果不佳或不能耐受激素的患者，可能会考虑使用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤等，但相对糖皮质激素，其应用没有那么普遍作为首选用药。
内镜治疗情况
胆管狭窄处理：如果自身免疫性胰腺炎导致胆管狭窄，可能会采用内镜下胆管扩张、放置支架等内镜治疗手段。例如，当胆管出现狭窄影响胆汁排泄时，通过内镜将狭窄部位扩张，并放置胆道支架来恢复胆汁的正常引流。胰管狭窄处理：若胰管出现狭窄，也可能在内镜下进行相应处理，如胰管扩张等操作，但这相对胆管狭窄的内镜治疗应用相对少一些，主要是根据患者具体的胰管病变情况来决定是否采用内镜治疗。
手术治疗情况
极少采用手术：自身免疫性胰腺炎一般不首先考虑手术治疗，因为多数患者通过药物治疗可以控制病情。只有在出现一些特殊情况时才可能考虑手术，比如当怀疑有胰腺癌等其他病变难以鉴别，或者药物治疗无效且出现严重的胰腺相关并发症，如胰腺脓肿等情况时，可能会考虑手术切除病变组织，但这种情况非常少见。
治疗中的监测
定期复查：在治疗过程中需要定期复查，包括血液检查，如血常规、血淀粉酶、自身抗体等，还有影像学检查，像腹部超声、CT等，通过这些检查来评估治疗效果，调整治疗方案。一般治疗开始后的数周内可能就要进行第一次复查，之后根据病情恢复情况确定复查间隔时间，可能是数月一次等。