小孩子指甲凹凸不平的原因包括营养不良、真菌感染、外伤等。
一、营养不良。如果小孩子存在挑食、偏食的情况，那么就会因营养物质摄入不足而很容易导致身体营养不良。一旦这种营养不良累及指甲，就会造成指甲营养不良，进而出现甲板变薄、甲横纹以及凹凸不平的小点等情况。比如缺乏蛋白质、钙、铁、锌、维生素A、维生素B等营养成分，都可能影响指甲的正常生长和发育。
二、真菌感染。小孩若是平时不注意手部卫生护理，就可能引发真菌感染。真菌感染这个疾病因素可致使指甲变黄、增厚、变色、翘起以及表面凹凸不平。常见的如灰指甲，就是由皮肤癣菌、酵母菌和非皮肤癣菌性丝状真菌引起的指（趾）甲感染。
三、外伤。如果小孩的手不慎受到外伤，像门缝挤压或被石头砸伤等，这样就可能伤到指甲，导致甲床受损，从而引起指甲凹凸不平。
当小孩指甲凹凸不平时，要做好局部的卫生护理措施。同时要调整饮食结构，多让小孩摄入富含维生素以及蛋白质的食物。必要时需带小孩去医院进行详细检查，以明确是否存在疾病因素。
总之，对于小孩指甲凹凸不平的情况，要重视起来，及时查找原因并采取相应的措施。