子宫腺肌症的病因目前尚未完全明确，但一般认为与以下因素有关。首段来看，子宫腺肌症的发生主要与子宫肌层内的异位内膜腺体和间质有关，目前推测可能与多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎症等造成子宫肌层损伤，使得基底层子宫内膜侵入肌层有关，其中多次妊娠分娩造成子宫肌层损伤是比较重要的因素之一。
与妊娠分娩相关的因素
多次妊娠分娩：女性在多次怀孕生产过程中，子宫肌层会受到一定程度的损伤，这就为基底层子宫内膜细胞侵入肌层提供了机会。比如经产妇发生子宫腺肌症的几率要比未产妇高很多，这就是因为经产妇经历过多次妊娠分娩，子宫肌层损伤的概率更大。人工流产手术：频繁的人工流产手术也可能损伤子宫肌层。女性进行人工流产时，手术器械可能会对子宫肌层造成创伤，使得子宫内膜碎片容易异位到肌层中。有研究发现，做过多次人工流产的女性患子宫腺肌症的风险会明显增加。
与子宫内膜炎症相关的因素
慢性子宫内膜炎症：长期存在的慢性子宫内膜炎症可能会影响子宫肌层的正常结构和功能。炎症刺激会导致子宫内膜基底层向肌层侵袭。例如，患有慢性盆腔炎等疾病，炎症波及子宫内膜，就可能增加子宫腺肌症的发病风险。子宫内膜炎症会使局部微环境改变，有利于子宫内膜细胞向肌层浸润。
与卵巢功能失调相关的因素
雌激素水平影响：雌激素可以刺激子宫内膜增生，当体内雌激素水平异常升高时，可能会促使子宫内膜向肌层生长。例如，一些患有多囊卵巢综合征的女性，由于内分泌紊乱，雌激素水平持续偏高，就更容易发生子宫腺肌症。因为长期高水平的雌激素刺激，会让子宫内膜不断增生并向肌层侵袭。孕激素水平变化：孕激素水平的变化也与子宫腺肌症有关。如果孕激素分泌不足，就无法很好地抑制子宫内膜向肌层的生长。比如绝经过渡期的女性，体内孕激素水平下降，子宫内膜失去了孕激素的制约，就可能更容易侵入肌层，从而引发子宫腺肌症。