肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要症状有以下这些。首段：肛瘘常见的症状中，肛周反复流脓比较典型，一般瘘管较小时，流脓量少，有时呈间歇性流脓。
流脓情况
间歇性流脓： 肛瘘患者常常会出现肛周流脓的情况，在急性感染期时，流脓量会增多，脓液通常呈脓性、血性或黏液性。比如有的患者每天会有几次流脓现象，脓液颜色可能从黄色转为绿色等。持续少量流脓： 有些肛瘘患者瘘管较细，会持续有少量脓液流出，污染内裤，给生活带来不便。
疼痛表现
周期性疼痛： 当肛瘘内口感染发炎，脓液引流不畅时，会出现疼痛，这种疼痛往往有周期性。比如在脓液积聚时疼痛明显，而脓液排出后疼痛会有所缓解，但之后又可能再次因脓液积聚而疼痛。隐痛不适： 平时肛瘘也可能有隐痛不适的感觉，尤其是在久坐、行走过多等情况下，这种隐痛会更明显一些。
瘙痒症状
肛周瘙痒： 由于肛瘘流出的脓液刺激肛周皮肤，会导致肛周瘙痒难忍。患者会不自觉地搔抓肛周，长期搔抓可能会引起肛周皮肤破损、增厚等改变。皮肤刺激： 脓液不断刺激肛周皮肤，还可能使皮肤出现湿疹样改变，进一步加重瘙痒症状，影响患者的生活质量。
全身症状
发热表现： 当肛瘘发生急性感染时，患者可能会出现发热症状，体温可在38℃左右，有的患者体温会更高。同时还可能伴有乏力、食欲不振等全身不适。消瘦情况： 长期患有肛瘘且反复感染的患者，可能会因为身体消耗增加，出现消瘦的情况，体重会逐渐下降。