肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，大约超过一半的肛瘘患者有肛周脓肿病史。比如肛周脓肿自行破溃或经切开引流后，脓腔壁形成纤维化的管道，就容易发展成肛瘘。
肛周脓肿相关因素
感染源持续存在： 当肛门腺感染后，炎症会不断扩散，如果没有得到及时有效的控制，感染就可能蔓延形成脓肿，进而发展为肛瘘。一般来说，肛门腺感染是引发肛周脓肿进而导致肛瘘的常见起始因素。脓肿处理不当： 如果肛周脓肿在治疗时，引流不彻底，脓腔内的感染病灶没有完全清除，就很容易残留隐患，使得感染持续，最终形成肛瘘。比如脓肿切开引流时，切口过小或位置不合适，导致引流不畅。
直肠肛门损伤因素
外伤引起： 比如会阴部受外来暴力、异物插入等外伤，可能会导致肛管直肠受损，细菌趁机侵入，引发感染，进而形成肛瘘。像骑跨伤等造成的肛门直肠外伤就有这样的风险。医源性损伤： 在医疗操作过程中，比如肠镜检查时操作不当，或者肛肠手术中处理不当，也可能损伤肛管直肠，引发感染形成肛瘘。例如手术时对组织的过度损伤，破坏了正常的组织防御，增加了感染几率。
特异性炎症因素
结核杆菌感染： 结核杆菌感染肠道后，容易累及肛管直肠部位，引发结核性肛瘘。这种情况相对少见，但一旦发生，治疗相对复杂。结核性肛瘘患者通常会有结核中毒症状，如低热、盗汗等。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位，当累及肛管直肠时，也可能导致肛瘘的形成。克罗恩病引起的肛瘘往往病情较为复杂，复发率较高。