衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。男性泌尿生殖道感染衣原体时，约有50%的人会出现尿道刺痒、灼痛等症状，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，部分患者晨起时会发现尿道口有少量黏液性分泌物结成的痂膜封住尿道口或污染内裤。女性泌尿生殖道感染衣原体后，宫颈是最常被感染的部位，多数患者无症状，有症状者主要表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后出血，以及下腹部不适等。
男性生殖系统感染症状
尿道炎表现：感染后1-3周可出现症状，主要是尿道内不适、刺痒，疼痛程度较轻，为间歇性，有时仅表现为尿道口红、肿。附睾炎情况：部分男性衣原体感染可引发附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛，触痛明显，阴囊部位有坠胀感。
女性生殖系统感染症状
宫颈感染表现：宫颈充血、水肿，有黏液脓性分泌物，患者可能感觉阴道有异物感，白带增多。盆腔炎表现：若感染上行引发盆腔炎，可出现下腹部疼痛、发热等症状，体温可达到38℃左右，还可能伴有恶心、呕吐等不适。
眼部衣原体感染症状
沙眼表现：由沙眼衣原体引起的沙眼，初期患者会感觉眼睛发痒、有异物感，随后出现畏光、流泪、黏液性分泌物等症状，病情发展可能导致眼睑结膜增厚、乳头增生、滤泡形成等。包涵体结膜炎表现：主要表现为结膜充血、水肿，有较多黏液脓性分泌物，多见于新生儿和婴幼儿，可通过产道感染。