衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。男性泌尿生殖道感染衣原体时，约有50%的人会出现尿道刺痒、灼痛等症状，还可能有尿急、尿频，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用手挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜封口，或见污秽裤裆。女性泌尿生殖道感染衣原体后，宫颈炎是常见症状，多数患者无症状，有症状者表现为阴道分泌物增多，呈粘液脓性，性交后出血等，还可能出现尿道炎，表现为尿道口充血、尿频等。
眼部衣原体感染症状
眼部衣原体感染主要是沙眼衣原体引起的。急性期症状包括眼红、眼痛、异物感，还伴有较多的粘液或脓性分泌物，眼睑红肿，结膜充血水肿，乳头增生，上下穹窿部结膜布满滤泡，可合并角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大。慢性期症状则相对较轻，可能仅有眼部不适、异物感、干燥和烧灼感，结膜充血减轻，有少量分泌物，可有结膜瘢痕形成等。
呼吸道衣原体感染症状
呼吸道衣原体感染主要是肺炎衣原体引起的。儿童感染后常表现为咽炎、喉炎、鼻窦炎、中耳炎、支气管炎，发热一般为38℃左右，可持续1 - 3周，咳嗽为主要症状，初期为干咳，后转为顽固性剧咳，可持续1 - 4周或更长时间，可伴有咽痛、声音嘶哑等。成人感染后可表现为咽痛、声音嘶哑、发热、咳嗽等，咳嗽多为刺激性干咳，也可伴有咳痰等。
其他部位衣原体感染症状
比如直肠衣原体感染，多见于同性恋或异性恋女性，女性患者可出现肛门瘙痒、直肠疼痛、黏液性分泌物等症状；新生儿通过产道感染衣原体可引起眼结膜炎和肺炎，眼结膜炎多在生后5 - 14天出现，表现为眼睑红肿，结膜充血水肿，有脓性分泌物；肺炎则多在生后2 - 12周出现，表现为呼吸增快、喘息、咳嗽等。