玫瑰糠疹的病因目前尚未完全明确，但研究发现与病毒感染有较大关系，比如人类疱疹病毒6型（HHV-6）和人类疱疹病毒7型（HHV-7）感染可能是引发玫瑰糠疹的重要因素，有研究显示约有一半左右的玫瑰糠疹患者在发病前曾有病毒感染的前驱症状。
与病毒感染的关联
人类疱疹病毒6型： 研究表明，玫瑰糠疹患者中HHV-6 DNA阳性率较高，在急性期患者的皮损处检测到HHV-6的存在，提示HHV-6可能在玫瑰糠疹的发病过程中起到了触发作用。人类疱疹病毒7型： 同样，HHV-7与玫瑰糠疹的关系也受到关注，部分玫瑰糠疹患者体内可检测到HHV-7的抗体水平升高，说明HHV-7感染也可能参与了玫瑰糠疹的发生发展。
免疫因素的影响
细胞免疫参与： 玫瑰糠疹患者的免疫系统会出现异常，在皮损部位存在T淋巴细胞的浸润，细胞免疫反应被激活。T淋巴细胞介导的免疫反应可能导致皮肤出现炎症反应，进而引发玫瑰糠疹的皮疹等表现。免疫调节失衡： 机体的免疫调节机制出现紊乱，比如Th1和Th2细胞失衡等情况可能与玫瑰糠疹的发病相关。正常情况下Th1和Th2细胞处于平衡状态来维持机体的免疫稳定，而玫瑰糠疹患者体内这种平衡被打破，导致免疫反应异常，引起皮肤病变。
遗传易感性方面
家族聚集性研究： 有一定的家族聚集现象被观察到，部分玫瑰糠疹患者有家族发病史，提示遗传因素可能在玫瑰糠疹的发病中起到作用。虽然具体的遗传机制还不十分清楚，但遗传易感性使得某些人群更容易受到上述病毒感染等因素的影响而患上玫瑰糠疹。不过，遗传因素并不是唯一的致病因素，环境等其他因素也会参与其中。