咽吐沫时耳朵根疼可能与以下原因有关：
1.耳部感染：如外耳道炎、中耳炎等，炎症可导致耳部疼痛，吞咽时耳部疼痛加重。
2.耳部损伤：耳部受到外力撞击、挤压或挖耳等操作可能导致耳部损伤，引起疼痛。
3.颞下颌关节紊乱：颞下颌关节位于耳部前方，其功能紊乱可导致耳部疼痛，吞咽时疼痛可能加重。
4.神经痛：如舌咽神经痛，可表现为耳部、舌根等部位的阵发性疼痛。
5.其他：咽喉部疾病、颈部疾病等也可能引起咽吐沫时耳朵根疼。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如听力下降、耳鸣、发热等，建议及时就医，进行详细的耳部检查、听力测试等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
在就医前，可尝试以下方法缓解疼痛：
1.保持耳部清洁，避免耳内进水。
2.避免用力擤鼻、挖耳。
3.饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物。
4.注意休息，避免过度劳累。
5.可使用热敷或冷敷缓解疼痛。
需要注意的是，以上方法只能缓解症状，不能替代专业的医疗治疗。如果疼痛严重或持续时间较长，应及时就医。