三个月宝宝睡觉老是摇头，可能与以下原因有关：1.生理因素：头部出汗：宝宝头部容易出汗，尤其是在睡眠时。出汗会使头部感到不适，从而导致摇头
皮肤瘙痒：宝宝的皮肤娇嫩，如果接触到过敏原、湿疹等，可能会引起皮肤瘙痒，导致摇头
环境因素：睡眠环境温度过高、过低，或床铺不舒适，也可能影响宝宝的睡眠，导致摇头
2.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、睡眠不安等症状
3.湿疹：宝宝湿疹可能会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头
4.中耳炎：中耳炎是儿童常见的疾病，炎症可能会刺激耳部，引起疼痛，导致宝宝摇头
5.其他：宝宝可能会因为内耳发育不完善、大脑皮层发育不成熟等原因，出现睡觉时摇头的现象。针对以上原因，可以采取以下措施：1.保持头部清洁：及时为宝宝清洗头部，保持头部干燥。2.选择舒适的衣物和床铺：给宝宝选择柔软、透气的衣物，床铺要舒适。3.调整室内温度和湿度：保持室内温度适宜，湿度适中
4.补充维生素D：如果宝宝缺乏维生素D，应在医生的指导下进行补充
5.治疗湿疹：如果宝宝有湿疹，应及时治疗，保持皮肤清洁
6.观察耳部：注意观察宝宝的耳部是否有异常，如有异常，应及时就医
7.就医检查：如果宝宝摇头的情况持续不缓解，或伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、呕吐等，应及时就医，进行相关检查，以排除其他疾病的可能。需要注意的是，每个宝宝的情况可能不同，如果家长对宝宝的睡眠问题感到担忧，最好咨询医生的意见，以确保宝宝的健康。