三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是正常的生理现象，也可能是由多种原因引起的，需要具体情况具体分析。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的生理现象：
神经系统发育：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现一些不自主动作，包括摇头。这是正常的生理现象，随着宝宝的成长，这种情况会逐渐减少。
头部温度：宝宝的头部容易出汗，如果睡觉时头部过热，可能会导致摇头。确保宝宝的睡眠环境舒适，不要过度包裹。
内耳发育：宝宝的内耳也在发育过程中，可能会通过摇头来缓解耳部不适。这种情况通常会在宝宝几个月大时自然消失。
2.皮肤问题：
湿疹：湿疹是一种常见的皮肤炎症，可能会导致宝宝头部瘙痒，从而引起摇头。注意保持宝宝皮肤清洁干燥，选择温和的护肤品。
痱子：过多的汗液在皮肤褶皱处积聚可能会导致痱子，引起宝宝不适。保持皮肤干爽，使用痱子粉等产品。
3.过敏：
食物过敏：如果宝宝正在母乳喂养，妈妈的饮食可能会影响宝宝。某些食物过敏可能导致宝宝皮肤瘙痒，包括头部。如果怀疑过敏，可以咨询医生进行进一步评估。
环境过敏：宝宝对空气中的某些物质过敏，如尘螨、花粉等，也可能引起皮肤瘙痒。保持室内清洁，定期更换床上用品。
4.维生素D缺乏：
骨骼发育：维生素D对于钙的吸收和骨骼发育至关重要。缺乏维生素D可能导致宝宝骨骼不适，引起摇头。确保宝宝每天摄入足够的维生素D，可以通过晒太阳或补充剂来满足需求。
其他症状：除了摇头，宝宝可能还会出现多汗、夜惊、肋骨外翻等症状。如果怀疑维生素D缺乏，咨询医生进行血液检查。
5.耳部感染：
疼痛和不适：耳部感染是宝宝常见的疾病之一，可能会导致耳部疼痛和不适，引起宝宝摇头。注意观察宝宝是否有耳部疼痛、哭闹、发热等症状。
检查和治疗：如果怀疑耳部感染，应及时带宝宝就医，医生可能会进行耳部检查并给予适当的治疗。
6.其他健康问题：
呼吸道感染：宝宝可能会因为呼吸道感染而出现头部不适，导致摇头。
神经系统问题：某些神经系统问题，如脑瘫，也可能导致宝宝异常的头部运动。
心理因素：宝宝可能会通过摇头来表达不满、焦虑或其他情绪。
如果宝宝睡觉老是摇头的情况持续存在或伴有其他异常症状，如哭闹、睡眠不安、发热等，建议及时就医。医生会进行详细的身体检查和评估，确定具体原因并给予相应的建议和治疗。
同时，为了确保宝宝的睡眠质量，可以采取以下措施：
保持舒适的睡眠环境：调整室温、湿度，选择合适的床垫和枕头。
建立良好的睡眠习惯：保持规律的睡眠时间，避免过度刺激。
给予适当的安抚：宝宝可能需要一些安抚才能入睡，如轻轻的按摩、安抚奶嘴等。
注意观察：密切观察宝宝的睡眠情况和身体反应，及时发现问题。
每个宝宝都是独特的，他们的睡眠习惯和行为可能会有所不同。如果对宝宝的睡眠问题感到担忧，最好咨询医生或专业的育儿专家，以获得个性化的建议和指导。