三个月宝宝睡觉摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，会出现摇头的情况，这是正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，若没有及时清理，会导致头部瘙痒，从而出现摇头的情况。此外，湿疹还可能伴有皮肤红斑、丘疹等症状。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会导致神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。此外，缺钙还可能导致骨骼畸形，如方颅、鸡胸等。
4.耳部感染：宝宝的耳部结构尚未发育完全，容易受到感染。当耳部受到感染时，会出现疼痛、瘙痒等症状，从而导致宝宝摇头。此外，耳部感染还可能伴有发热、哭闹等症状。
5.皮肤过敏：如果宝宝接触到过敏原，如尘螨、花粉等，可能会导致皮肤过敏，从而出现瘙痒、摇头的情况。此外，皮肤过敏还可能伴有皮疹、红肿等症状。
当宝宝出现三个月睡觉老是摇头的情况时，我们可以从以下几个方面进行分析：
1.观察宝宝的其他症状：除了睡觉摇头外，还需要观察宝宝是否有其他异常表现，如湿疹、皮肤过敏、耳部感染等。
2.检查宝宝的头部：检查宝宝的头部是否有皮疹、红肿等异常情况，是否有湿疹、头垢等。
3.注意宝宝的睡眠环境：保持宝宝的睡眠环境舒适、安静，避免过度刺激。
4.给宝宝补充维生素D：维生素D可以促进钙的吸收，预防佝偻病。如果宝宝有缺钙的风险，可以在医生的指导下给宝宝补充维生素D。
5.及时就医：如果宝宝的症状持续不缓解，或者伴有其他异常表现，如发热、哭闹、呕吐等，应及时就医，进行相关检查和治疗。