新生儿黄疸是新生儿期常见的现象，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸。新生儿黄疸主要由以下原因引起：
胆红素生成过多
红细胞破坏多： 胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞数量代偿性增多，出生后氧分压升高，过多的红细胞被破坏，导致胆红素生成增加。据统计，新生儿红细胞寿命相对较短，仅为80~100天，比成人短，所以更容易被破坏产生胆红素。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能把血红素转化为胆红素，使得胆红素生成量增多。
肝脏胆红素代谢障碍
肝细胞摄取胆红素能力不足： 新生儿出生时肝细胞内Y、Z蛋白含量低，通常要到生后5~10天才达到成人水平，这就导致肝细胞摄取胆红素的能力受限，使得胆红素在体内堆积。肝脏结合胆红素功能差： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）含量低且活性不足，约于生后1周达到正常水平，所以肝脏结合胆红素的能力较弱，影响胆红素转化为结合胆红素排出体外。
胆汁排泄障碍
胆管排泄障碍： 新生儿可能存在胆道闭锁等先天性胆道畸形，导致胆汁排泄不畅，胆红素就会反流入血，引起黄疸。另外，新生儿肝炎也可能影响胆汁排泄，使胆红素在体内积聚。比如一些病毒感染可引起新生儿肝炎，导致肝细胞受损，胆汁分泌和排泄功能受到影响。肠肝循环增加： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，肠道内的β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，能将结合胆红素水解成未结合胆红素，又被肠道重新吸收进入肝肠循环，使得血中的胆红素增多，加重黄疸。