小孩半夜发热39度是比较严重的情况，可能引起高热惊厥。对此可采取以下措施：
一、就医治疗：家长应尽快带小孩到医院，进行血常规等检查，在医生指导下服用口服退热药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
1.布洛芬：能通过抑制前列腺素的合成发挥解热镇痛作用，对于儿童发热有较好的缓解效果。
2.对乙酰氨基酚：是常用的退热药物，能较快地降低体温。
二、冷敷：用冷毛巾敷在小孩额头，或用毛巾包裹冰块敷在颈部、腋下等部位。
(1)冷毛巾敷额头：可直接接触皮肤，帮助散热。
(2)毛巾包冰块敷颈部、腋下：这些部位血管丰富，能更有效地降低体温。
三、拭浴：用温热的毛巾擦拭小孩血液循环较密集的部位，如头颈、四肢、腋窝等。
1.头颈部位：包括颈部、耳后等。
2.四肢：帮助四肢的血液降温。
3.腋窝：此处大血管丰富，能促进热量散发。
家长在进行冷敷或拭浴时不能使用酒精，因为小孩角质层薄、血液循环快，酒精擦拭可能导致酒精透皮吸收入血，严重时会引发酒精中毒。总之，小孩半夜高热要及时处理，根据实际情况选择合适的方法，若情况严重需尽快就医。