孩子夜里发烧39度，可先采取药物退烧或物理退热等方式处理。
一、药物退烧：孩子夜里发烧39度时，可以给孩子服用布洛芬或者对乙酰氨基酚这类药物来进行退烧治疗。
1.布洛芬：是一种常用的解热镇痛药，能有效降低体温。
2.对乙酰氨基酚：具有较好的退热效果，相对较为安全。
二、物理退热：在服用退烧药后，还可以同时用温水对孩子身体的局部进行擦拭来辅助退热，比如额头、腋下、腹股沟等部位。
(1)额头：用湿毛巾擦拭额头可帮助散热。
(2)腋下：此处有丰富的血管，擦拭有助于热量散发。
(3)腹股沟：也是物理降温的重要部位之一。
在密切观察孩子是否退烧的同时，也要留意孩子是否出现咳嗽、呕吐、精神萎靡等症状。如果孩子出现了这些症状，就需要及时送往医院进行检查和治疗。
总之，孩子夜里发烧39度要及时妥善处理，密切关注孩子的状态，根据具体情况决定后续措施。