扁桃体肿大主要由以下原因导致。首先是感染因素，最常见的是细菌和病毒感染。比如A组乙型溶血性链球菌感染，是引发扁桃体炎导致扁桃体肿大的常见细菌病原体；而病毒感染中，EB病毒、腺病毒等都可引起扁桃体肿大，儿童时期因免疫力相对较弱，更容易因病毒感染出现扁桃体肿大，约有40%的扁桃体炎是由病毒引起的。
感染因素导致
细菌感染： 像A组乙型溶血性链球菌是引发急性扁桃体炎导致扁桃体肿大的常见致病菌，这种细菌感染后，扁桃体会迅速充血、肿胀，有的还会出现化脓现象。病毒感染： 例如EB病毒感染，除了导致扁桃体肿大，还常伴有发热、咽峡部疱疹等表现；腺病毒感染也会引起扁桃体肿大，且具有一定的传染性，在学校等人群密集场所容易传播。
自身免疫因素
当人体自身免疫系统出现紊乱时，也可能导致扁桃体肿大。比如在一些自身免疫性疾病中，免疫系统错误地攻击扁桃体组织，引发炎症反应，使扁桃体持续肿大。不过这种情况相对感染因素来说比例较低，但也不容忽视。
邻近器官炎症蔓延
邻近器官的炎症蔓延也会波及扁桃体导致肿大。比如鼻窦炎，鼻窦的炎症可通过解剖通道影响到扁桃体，使扁桃体受到炎症刺激而肿大；咽炎也可能向上蔓延至扁桃体，引发扁桃体的炎症反应，出现肿大情况。而且鼻腔、鼻窦的炎症如果长期存在，就会持续对扁桃体产生刺激，加重扁桃体肿大的程度。