甲状腺功能减退主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。导致甲状腺功能减退的原因有多种，比如自身免疫损伤，像自身免疫性甲状腺炎，约占原发性甲减病因的90%~95%，其中包括桥本甲状腺炎等；还有甲状腺破坏，比如131I治疗后，约5%~10%的患者在治疗后1年内会发生甲减，随着时间推移，发生率会逐年增加；另外，碘缺乏或过量也会引发，在一些碘缺乏地区，人群患甲状腺功能减退的概率相对较高，而长期大量摄入碘也可能影响甲状腺功能，导致甲减。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 自身免疫性甲状腺炎是常见的引起甲状腺功能减退的原因。其中桥本甲状腺炎最为多见，它是一种自身免疫性疾病，自身的免疫系统错误地攻击甲状腺组织，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的正常合成和分泌。患者体内会产生针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，这些抗体水平升高会逐步破坏甲状腺，导致甲状腺功能减退的发生风险增加。
甲状腺破坏因素相关
131I治疗后： 对于一些甲状腺疾病，如甲状腺功能亢进症，131I治疗是常用的方法之一。但131I治疗后出现甲状腺功能减退有一定的规律。一般在治疗后的早期，可能会有短暂的甲状腺激素变化，而随着时间推移，大约有5% - 10%的患者在治疗后1年内会发生甲减，并且随着时间的延长，发生率会逐渐上升。这是因为131I会破坏甲状腺细胞，使得甲状腺合成激素的能力下降。
碘摄入因素相关
碘缺乏地区： 在一些远离海洋、碘资源匮乏的地区，当地人群饮食中碘的摄入不足，而碘是合成甲状腺激素的重要原料，长期碘缺乏会导致甲状腺激素合成减少，从而引发甲状腺功能减退。例如，在某些山区，由于土壤中碘含量低，居民长期食用含碘量低的食物，患甲状腺功能减退的比例相对较高。碘过量： 虽然碘是合成甲状腺激素的必要元素，但长期大量摄入碘也会对甲状腺功能产生不良影响。比如一些人长期服用含碘的药物，或者食用过多含碘丰富的食物（如大量食用海带等海产品），可能会干扰甲状腺的正常功能，导致甲状腺激素合成和分泌异常，进而引发甲状腺功能减退。