甲状腺功能减退主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其中，自身免疫损伤是最常见的原因，约占85%以上。比如自身免疫性甲状腺炎，像桥本甲状腺炎，它会慢慢破坏甲状腺组织，影响甲状腺激素的正常合成与分泌。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也就是桥本甲状腺炎，是自身免疫性甲状腺炎中最常见的类型。机体免疫系统错误地攻击甲状腺组织，使得甲状腺细胞受损，进而影响甲状腺激素的产生。这种情况在女性中的发生率相对较高，尤其是30 - 50岁的女性更为常见。其他自身免疫性疾病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能与甲状腺功能减退相关，比如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等。这些疾病会通过自身免疫机制影响甲状腺的正常功能。
甲状腺破坏因素相关
放射性碘治疗： 当因甲亢等疾病接受放射性碘治疗时，放射性碘会破坏甲状腺组织。如果治疗剂量把握不准确或者甲状腺对放射性碘的敏感性不同，就可能导致甲状腺激素合成减少，引发甲状腺功能减退。一般在放射性碘治疗后的几个月到几年内可能逐渐出现甲状腺功能减退的情况。手术切除甲状腺： 因甲状腺癌等疾病进行甲状腺全部或大部分切除术后，甲状腺组织被切除，甲状腺激素的分泌源减少，也会导致甲状腺功能减退。术后患者需要长期监测甲状腺功能，并根据情况补充甲状腺激素。
碘摄入异常因素相关
碘缺乏： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，如果长期碘摄入不足，会影响甲状腺激素的合成，从而导致甲状腺功能减退。在一些碘缺乏地区，居民患甲状腺功能减退的风险相对较高。比如一些山区、远离海洋的地区，饮食中碘含量较低。碘过量： 虽然碘缺乏会导致问题，但碘摄入过多也可能引起甲状腺功能紊乱，导致甲状腺功能减退。比如长期大量食用含碘丰富的食物，像海带等，或者服用含碘药物过量等情况，都可能影响甲状腺的正常功能。