甲状腺功能减退主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其中，自身免疫损伤是最常见的原因，约占85%以上。比如自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎等，会攻击甲状腺，影响其正常功能。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎），体内会产生针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，这些抗体持续攻击甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，甲状腺激素合成减少，进而引发甲状腺功能减退。据统计，自身免疫性甲状腺炎是成人获得性甲状腺功能减退最常见的病因。其他自身免疫性疾病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能与甲状腺功能减退相关，比如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等，这些疾病会通过免疫系统的异常反应影响甲状腺功能。
甲状腺破坏因素相关
放射性碘治疗： 当患者因甲状腺疾病接受放射性碘治疗时，放射性碘会破坏甲状腺细胞。如果治疗剂量把握不当，或者患者自身甲状腺对放射性碘敏感，就可能导致甲状腺细胞被过度破坏，甲状腺激素分泌不足，从而引发甲状腺功能减退。一般在放射性碘治疗后的数月至数年，可能会逐渐出现甲状腺功能减退的情况。手术切除甲状腺： 因甲状腺恶性肿瘤等疾病进行甲状腺全部或大部分切除手术时，切除了大量甲状腺组织，剩余的甲状腺组织分泌的甲状腺激素不足以维持机体正常代谢需求，也会引起甲状腺功能减退。手术切除甲状腺后，患者往往需要终身补充甲状腺激素来替代治疗。
碘摄入异常因素相关
碘缺乏： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，如果长期摄入碘不足，会影响甲状腺激素的合成，导致甲状腺功能减退。在一些碘缺乏地区，居民患甲状腺功能减退的几率相对较高。比如一些山区、远离海洋的内陆地区，由于饮食中碘含量低，居民容易出现碘缺乏性甲状腺功能减退。碘过量： 短期内摄入大量碘也可能引发甲状腺功能减退。例如长期服用含碘药物，像胺碘酮等，药物中的碘会影响甲状腺激素的代谢和合成，导致甲状腺功能紊乱，出现甲状腺功能减退。