扁桃体总发炎多是由病原体反复感染引起，其中A组乙型溶血性链球菌是主要的致病菌。据统计，约有30%的扁桃体发炎是由这类细菌引发。
病原体持续感染
细菌感染：除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能导致扁桃体反复发炎。这些细菌会在扁桃体隐窝内繁殖，引发炎症反应。比如，当人体免疫力下降时，葡萄球菌就容易趁机侵入扁桃体，导致炎症反复发作。病毒感染：像EB病毒、腺病毒等病毒感染也会引起扁桃体发炎，而且病毒感染后容易转为慢性，进而导致扁桃体反复发炎。例如EB病毒感染，在急性期可能出现扁桃体肿大、疼痛等症状，若未彻底清除病毒，就可能反复引发扁桃体发炎。
自身免疫力因素
免疫力低下人群：儿童和老年人相对更容易出现扁桃体总发炎的情况。儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，抵抗力较弱；老年人随着年龄增长，免疫力逐渐衰退，所以更容易受到病原体侵袭，导致扁桃体反复发炎。比如，学龄前儿童由于接触外界病原体的机会增多，且自身免疫功能不完善，扁桃体发炎的几率就比成年人高。过敏体质者：过敏体质者的扁桃体黏膜更容易处于敏感状态，当接触到过敏原时，容易引发变态反应性炎症，从而导致扁桃体反复发炎。例如对花粉过敏的人，在花粉季节，接触花粉后可能会出现扁桃体发炎反复的情况。
局部因素影响
扁桃体隐窝引流不畅：扁桃体隐窝口堵塞，会使其中的细菌、病毒等病原体难以排出，长期留存就容易引发炎症反复发作。比如，扁桃体隐窝内如果有食物残渣、细菌团块等堵塞，就会为病原体滋生提供温床，导致扁桃体反复发炎。邻近器官病灶影响：如鼻窦炎、咽炎等邻近器官的炎症蔓延至扁桃体，也会造成扁桃体总发炎。例如鼻窦炎患者，鼻腔内的炎性分泌物可能会倒流至扁桃体部位，刺激扁桃体引发炎症，而且这种炎症容易迁延不愈，导致扁桃体反复发炎。