川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素相关。目前认为川崎病可能是由感染因素引发，比如某些病毒感染，像逆转录病毒、金黄色葡萄球菌等可能参与了川崎病的发病过程。
感染因素相关情况
病毒感染方面：有研究发现，逆转录病毒可能与川崎病有关。比如某些特定的逆转录病毒在部分川崎病患儿体内被检测到，不过具体的作用机制还在进一步探索中。另外，柯萨奇病毒等也被怀疑可能参与川崎病的发病，但还需要更多的研究来证实其确切关联。细菌感染方面：金黄色葡萄球菌等细菌感染也被认为可能和川崎病有联系。金黄色葡萄球菌的某些成分可能会引发机体异常的免疫反应，从而导致川崎病相关的一系列症状出现。不过细菌感染导致川崎病的具体路径还需要深入研究来清晰阐明。
免疫因素相关情况
免疫异常表现：川崎病患儿存在明显的免疫异常。患儿体内的免疫系统会被过度激活，例如T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会出现异常活化的情况。大量活化的免疫细胞会释放出多种细胞因子，像白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6、肿瘤坏死因子等，这些细胞因子会导致血管炎症等一系列病理改变，进而引发川崎病的发热、皮疹、血管炎等诸多症状。自身免疫反应：机体的自身免疫反应在川崎病发病中也起到重要作用。免疫系统可能错误地将自身血管组织当成外来异物进行攻击，导致血管出现炎症损伤，尤其是冠状动脉等大血管容易受到影响，这也是川崎病可能引发冠状动脉病变的重要免疫相关机制。
遗传因素相关情况
遗传易感性：研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。某些基因的突变或多态性可能会增加个体患川崎病的风险。比如一些与免疫调节相关的基因，如果发生突变，就可能使机体更容易出现免疫异常反应，从而增加患上川崎病的可能性。不过目前关于具体是哪些基因以及如何通过遗传因素影响川崎病发病的细节还在不断研究中。