肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因肛周脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘的机制
肛周脓肿是肛管直肠周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染，形成脓肿后，若脓液引流不畅，感染反复刺激肛周组织，就容易导致肛瘘。比如，肛周脓肿发生在肛门直肠周围，脓肿逐渐增大，向皮肤或肛管直肠黏膜破溃，破溃处愈合后形成纤维化的管道，也就是肛瘘的瘘管。
其他可能诱因
直肠肛门损伤： 外伤、吞咽骨头或异物，或者肛门指检时造成肛管直肠损伤，细菌侵入损伤部位引发感染，进而可能发展为肛瘘。比如，不小心吞下较硬的食物导致肛管直肠黏膜损伤，细菌趁机进入，就有引发肛瘘的风险。会阴部手术： 如内痔注射不当或手术感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，这些手术相关的感染也可能波及肛周，引发肛瘘。例如，内痔注射时操作不当，药物注射位置不准确导致感染，炎症扩散可能形成肛瘘。
不良生活习惯的影响
长期久坐、不注意肛门局部清洁等不良生活习惯也可能增加肛瘘的发病风险。久坐会影响肛门局部的血液循环，使肛门局部抵抗力下降；不注意清洁会让细菌容易在肛周滋生，增加感染的机会，长期下来就可能诱发肛瘘。比如，一些办公室久坐人群，就相对更易出现肛周问题，增加肛瘘发生的可能性。