慢性胃肠炎常见症状有腹痛，多数患者会有不同程度的腹痛，疼痛部位多在肚脐周围，一般是隐痛或胀痛，发作时间不固定，可能持续几分钟到几小时不等。另外，还常出现腹泻，大便次数增多，一般每天3~5次，严重时可达10次左右，大便性状多样，可为稀便、糊状便，有的还会带有黏液，但一般无脓血。
胃肠道不适表现
腹胀：患者常感觉腹部胀满，尤其是进食后较为明显，有的患者腹胀会持续数小时甚至一整天。这是因为胃肠道蠕动功能紊乱，食物消化吸收不畅导致气体积聚。恶心呕吐：部分慢性胃肠炎患者会出现恶心症状，严重时可伴有呕吐，呕吐物多为胃内的消化液和未消化的食物，呕吐频率因人而异，有的偶尔发生，有的可能一天数次。
全身伴随症状
乏力：由于胃肠道长期不适，影响营养物质的吸收，患者会感觉全身没有力气，精神状态较差，活动耐力下降，比如平时能走一段较长的路，患病后走一小段就会觉得累。消瘦：如果病情持续时间较长，营养吸收障碍明显，患者可能会出现体重逐渐下降、消瘦的情况，体重下降幅度个体差异较大，有的可能1~3个月内体重下降3~5公斤。
其他相关症状
食欲减退：患者对食物的兴趣降低，吃饭量明显减少，原本喜欢的食物也不想吃了，这也是因为胃肠道功能紊乱，消化液分泌不足等原因导致。排便习惯改变：除了腹泻，有的患者还会出现便秘的情况，与腹泻交替出现，比如一段时间腹泻，一段时间又便秘，这是因为胃肠道的正常节律被打乱，肠道的推进功能发生变化。