慢性胃肠炎常见症状有消化道不适，比如约半数以上患者会出现间断性的上腹部隐痛，疼痛程度不一，有的较轻，仅感觉腹部胀满、不适，有的则较为明显。还会有消化不良表现，像食欲减退，进食量较平时减少，或者进食后有早饱感，吃一点东西就觉得饱了，还可能出现恶心，偶尔会有呕吐的情况，一般呕吐物为胃内的消化液等。另外，肠道功能紊乱相关症状也比较常见，比如腹泻，有的患者每天排便次数在3~5次不等，大便不成形，呈稀糊状；也有的患者会出现便秘，排便困难，间隔时间延长。
消化道不适表现
腹痛特点： 慢性胃肠炎引起的腹痛多为间断发作，部位主要在上腹部，疼痛性质多样，有隐痛、胀痛等。一般疼痛程度较轻，不会剧烈难忍，但会持续存在一段时间后缓解，又可能在一段时间后再次出现。腹胀情况： 患者常感觉腹部胀满，尤其是在进食后更为明显，这是因为胃肠消化功能减弱，食物在胃肠道内停留时间延长，发酵产气导致腹胀。
消化不良表现
食欲减退原因： 胃肠黏膜长期处于炎症状态，影响了胃肠道的正常消化和吸收功能，使得患者对食物的欲望降低，不想吃东西。早饱现象： 胃的排空速度减慢，吃进去的食物不能及时排空，所以很快就有饱腹感，即使吃很少的食物也会觉得肚子饱了。
肠道功能紊乱表现
腹泻特征： 腹泻的粪便多为稀便，水分含量较多，这是由于肠道炎症导致肠道对水分的吸收功能障碍，使得水分随粪便排出。而且腹泻次数不稳定，受饮食等因素影响较大，比如进食了油腻、刺激性食物后可能会加重腹泻。便秘表现： 肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，导致大便干结，难以排出，患者排便时会感觉费力，排便时间间隔延长。